По умолчанию SQLite на каждый запрос закрывает и открывает файл БД, на что и тратится больше всего времени. Решить проблему просто - отправлять данные одним запросом вида:
INSERT INTO table (column1, column2) VALUES (data1, data2), (data1, data2), (data1, data2), (data1, data2);
Либо отправлять...