Все, я порешал. Запуск project.ExecuteProject() не работает только если запускать в VS даже без точек останова. Зато работает, если собрать и запустить через кубик dll. С чем связана невозможность отладки через VS, не стал копать. Но не очень удобно, когда приходится собирать проект, закрывать...