Мы реализовали данный алгоритм в различных вариациях - есть интерфейс и подробное описание.
500к ключевых слов кластеризует за 2 минуты 17 секунд, используем листовые системы хранения данных.
Потестировать можно тут www.rush-analytics.ru. Если нужны регулярные объемы - сделаем цены, значительно...