string path = Path.Combine(project.Directory, "file.txt"); // Путь к файлу
string line = "555"; // Подстрока, для сравнения
File.WriteAllLines(path, File.ReadAllLines(path).Where(x => !x.Contains(line))); // Собственно читаем все, которые не содержат подстроку, записываем обртно