В диспетчере задач есть возможность настройки старта проекта по триггеру (наличие файла на жестком диске).
Можно организовать таким образом, чтобы по окончанию выполнения шаблона 1 создавался какой-то файл, который является триггером пдля проекта 2.
А по окончанию проекта 2 создавался триггер для проекта 1.