Такс, разрулил я тут немного. Отвечу по порядку.
Во-первых, по моему вопросу. Да прокси нету в базе, потому, прокси который используется в данный момент, удаляется из базы (как бы логично на самом деле, чего я сразу не додумался).
Во вторых, если ставить ограничение кол-ва прокси на 0 или скажем 9999 (проксичекер работает постоянно) то через несколько часов работы все начинает подвисать, и прокси вообще в базе нету (решалось перезагрузкой программы)
Сейчас поставил ограничение на живые прокси 100 штук (после фильтрации получаю 50) так же уменьшил кол-во потоков проксичекера до 50, и время повторного использование того же прокси поставил 30 мин. И знаете! - все залетало так что огого ))
Делаем выводы.
Не мучаем проксичекер!