Когда сворачиваешь PM и особенно когда запускаешь оно всплывает поверх. Дико мешает. Можно сделать настройку которая бы полностью отключало данную фичу?
Можно попробовать задействовать эту опцию (Настройки - Инстанс):
По поводу второй части вопроса, по всплыванию окна в момент старта программы, есть на проработке такая проблема и таска, но пока нет возможности ее решить. Как только будет возможность - будет сделано.
Еще есть такой момент:
Ярлык ПМ\ЗП на мониторе 1, запускаем и двигаем курсор мыши на монитор 2. Программа открывается на втором мониторе. Думаю это можно отнести к этому репорту.