Не знаю поможет или нет мой совет...
В C# метод Main может принимать аргументы (string[] args) , этими аргументами можно задавать "тон" программы. Возможно если через Батник запускать можно передать в него часть аргументов.
Но это только на чистом C#, тут не знаю поможет или нет.