"Алерт" - это из меню "Логика" -> "Оповещение"? Если да, то он не останавливает шаблон, а просто выводит оповещение, а проект продолжает выполняться дальше.
Еще желательно, чтобы в ЗенноПостере при подходе к данной капче открывалось окно с выполняемым инстансом (типа нажалась кнопка "Показать"), чтобы я знал, что пора отгадывать капчу, и не нужно всегда держать окно выполняемого проекта открытым.