Теоретически:
Если на зенке, то сделать алгоритм поиска файлов и пересохранить в то же место. А в середину вставить кубик конвертации на C#. Метод можно погуглить по форуме «смена кодировки файла C# site:zennolab.com». Результат 1.
Или другими утилитами (у меня завалялись такие, но уже не помню какие из них точно рабочие):