Для большинства простых случаев разницы не будет. Принцип один и тот же - переменные которые вводишь через входные настройки, по умолчанию имеют тип string, и чтобы преобразовать строку в целое число используются
Parse или ConvertTo.
Бывают моменты, где это принципиально. Просто процитирую ответ с киберфорума.
А вообще методы Parse и Convert.ToXXX имеют разную семантику, и в зависимости от нее и нужно использовать эти методы:
Метод Parse нужен для преобразования строки в определенный тип. При этом подразумевается, что в строке записано строковое представление именно этого типа. Поэтому для Parse, вот такая запись бессмысленна: bool d = bool.Parse("1.4"); и выдаст ошибку.
Методы же Convert нужны для преобразования одних типов в другие.
Что имеет совсем другой смысл, чем Parse. Например для Convert можно написать так: bool d = Convert.ToBoolean(1.4); и это будет работать.
PS Кстати, можно подумать, что методы Convert.XXX лучше и универсальнее, но на самом деле их следует избегать, там где можно использовать Parse или явное преобразование типа (например int i = (int)1.4. Это связано с тем, что Convert может давать неявное поведение (см пример выше с преобразованием double в bool) что плохо для строго типизированного языка.