Как вариант, сделать список-файл url'ами просмотренных писем.
Шаблон дергает первое письмо, и осуществляет проверку на наличие его в списке, если оно есть то значит новых писем нет и пауза, нету дергает мыло и заносит в список, потом предыдущее, пока не дойдет до того что есть в списке, и пауза или то что вам надо. Минусы очевидны, при большой нагрузке список будет разбухать, и работа с ним требовать ресурсов.
Но лучше просто распотрошить письма, и удалить, или в архив или папку какую закинуть, если через веб версию браузера работаете и нужны. Нет письма нет проблемы.