Что именно Вы хотите настроить?
Лучше это делать, конечно, через интерфейс ProjectMaker т.к. многие параметры генерируются с определенной зависимостью, которую программа учитывает самостоятельно без Вашего вмешательства.
Многие параметры можно настраивать самостоятельно через C# код, но это рекомендуется делать только продвинутым пользователям, которые знают, что делать. Иначе Вы можете упустить какую-то настройку и шаблон будет работать некорректно.