{-Project.Directory-} это вроде как та переменная, где находится сам проект(файл с расширением .zp/.xmlz), в котором выполняются действия. Это удобно для тех случаев, когда ты знаешь, что засунешь проект в отдельную папку и чтобы не делать дополнительных входных настроек, то чтобы файлы сохранялись сразу же в той же папке, где проект.
Соответственно чтобы файлы с разных проектов не перемешивались, нужно проекты в разные папки засовывать. Либо я вопроса не так понял.