ffmpeg -i input.mp4 -vf "select='not(mod(n,5))',setpts=N/FRAME_RATE/TB" -af "aselect='not(mod(n,5))',asetpts=N/SR/TB" output.mp4
select='not(mod(n,5))' - фильтр для выбора каждого пятого кадра
setpts=N/FRAME_RATE/TB - фильтр для установки правильного временного штампа для каждого оставленного...