Все верно, именно когда файл освободился от предыдущего задания, с ним начинает производить манипуляции второй поток. Как ранее уточнил, если планируется круглосуточная работа многопотока, то лучше базы данных юзать. Если это работа на 5-20 минут, то не думаю что минута+- по времени играет...