1. Можно сразу, при парсинге, работать с одной таблицей - первый сайт записывает данные в свои ячейки, второй перед записью проверяет, есть ли данные об этом товаре и если есть - дописывает рядом свои значения, если нет - либо в отдельную таблицу, либо в конец таблицы.
2. Поищите на форуме поиск...