Как делаю я, качаю с сервака .htaccess читаю его, добавляю к прочтенному нужные строки, перезаписываю файл, заливаю на сервак. Таким образом все превосходно получается, но единственное не многопоток, но все равно всё быстро. Если нужен многопоток, то можешь сделать через рандомную папку.