Модули капмонстра надо бекапить, также, как сами проекты.
Новая версия ставится поверх старой без стирания настроек, как я помню.
Вообще, можно добавить возможность централизованного хранения каких-то настроек но не совсем понятно каких и насколько это, действительно, важно.