Все просто.
Запускать ffmpeg нужно из той папки, где лежит сам батник. Лучше всего из папки с шаблоном.
Если ffmpeg лежит в другой папке, то в батнике нужно указать к нему путь, но и это не лучшее решение, так как могут быть проблемы с uac Windows и правами на запуск приложений из системного диска.