Вопрос очень размытый и всё зависит от самих скриптов. Было бы проще, если бы Вы конкретно писали что за сайт, и что именно Вы хотите на нем сделать со скриптами. Авось кто-нибудь знающий и откликнется. А может тот, кто уже встречался с подобной проблемой, дал бы наводку в какую сторону копать