На самом деле, действительно дело было в http. Как только ssl поставил все прекратилось. Так то все хорошо с защитой, ну, более или менее, плагины левые не ставил начиная с 1.5 джумлы. С тех пор только с админки приложения устанавливаю. Я так понимаю, что эту рекламу видели только пользователи моего провайдера, так как другие как ни искали, ничего не могли найти на сайте. ssl все проблемы решил. Потом поставил SCP, думаю это увеличит безопасность.
По файлам index.php template.php естественно смотрел в первую очередь. Там или нет ничего, или я этого просто не вижу.
Полагаю, раз проблема пропала, значит там все чисто.