Вы в любом случае столкнётесь с проблемой конфликта как используемых библиотек, так и их зависимостей, что по разным ошибкам невозможности загрузки - будет совсем неясно.
Идеальным пока выглядит лишь вынос в отдельный exe (или вообще в нативную dll) и работа с ними понятными только вам способами (т.е. обфускация и не только).