Просто количество строк очень большое. Не совсем удобно таким методом.
На скорость никак не влияет, после проверки в zennoposter отрисовки нет.
На C# будет тоже самое, если через вторую таблицу.Читаем построчно, записываем.
Попроще - в экселе отсортировать по столбцу С и удалить там где пусто.
Посложнее, берем EPPlus, читаем файл, фильтруем, записываем файл.