"Первый файл" это в смысле первую строку?
Как у вас на скриншоте, сообщением ниже, должно работать.
Если выполняете многопотоком, то могут создаваться дубли, которые вы показали, в этом случае после перемещения чистить дубли попробуйте кубиком "Операции над списком - Удалить дубли".