Если загружаете по FTP, то есть способ получить список файлов, которые уже есть там.
Тут нужно уточнение от вас, на какой сервер вы загружаете файлы.
Если загружаете на Веб-сервер, то боюсь тут никак не узнать, в этом случае можно вести черный список уже загруженных ранее файлов и сверяться с ним.