Сделайте,
диагностику с включенным подробным логом и сбросьте мне в личку. Первый раз вижу такой баг, что-то новое.
Вроде как я разобрался в чем была проблема, причем случайно))
На мой взгляд это не связанные вещи.
В шаблоне был проект в проекте и для него нужны были библиотеки, а их в папке ExternalAssemblies для версии 2.3.9.0 не было. Я перегрузил сервер, через проджект мейкер прошел шаблон и выскочила ошибка, что нет библиотек в папке. Закинул библиотеки и все заработало. Но если ошибка появится, то я вам в пм скину лог