Ошибаетесь, они разграничиваются Пространством имен.
Если в двух разных шаблонах будут одинаковые пространства имен, они будут друг друга видеть.
IGlobalVariable gv = project.GlobalVariables["MyNamespase", "VariableName"]; // MyNamespase - через него можем подключиться в другом шаблоне