Если у Вас идёт многопоточная работа, тогда однозначно лучше работать через списки, т.к. они лучше синхронизируются между потоками.
Но так же зависит, что именно и куда Вы пишете - сколько результирующих файлов, что в содержимом, что должно получиться на выходе и т.д.