1) Можно запускать батниками выполнение. Но батник должен лежать на той машине, где работает конкретный бокс. А как добраться до батника - тут уже не про Зеннопостер :(
Еще к программе можно обращаться с помощью C# из своего софта, если у вас есть навыки
2) Бокс у вас скорее всего выписан на...