var list1 = project.Lists["Список 1"];
var list2 = project.Lists["Список 2"];
var list3 = project.Lists["Список 3"];
list3.Clear();
for (int i = 0; i < list1.Count; i++)
{
list3.Add(Convert.ToString(double.Parse(list2[i].Replace('.', ',')) - double.Parse(list1[i].Replace('.', ','))).Replace(',', '.'));
}