string directory = project.Variables["folder"].Value;//задаем исходную папку
string directoryTmp = directory + @"\folder\";// задаём название подпапки folder
Directory.CreateDirectory(directoryTmp);//создаём подпапку
DirectoryInfo source = new DirectoryInfo(directory);
DirectoryInfo destin = new DirectoryInfo(directoryTmp);
foreach (var item in source.GetFiles())
{
File.Move(directory +@"\" +item.Name, directoryTmp +@"\" +item.Name); // перемещаем файлы из папки в подпапку folder
}