2) Имелось ввиду: профиль-папку или профиль-файл используете?
Но судя по всему, вы используете профиль-файл, т.к. именно на нем может происходить описанная вами проблема, с учетом доп. данных которые вы уже сообщили. Пока что, как выход из ситуации - использовать профиль-папку. Либо держать активной сессию удаленного раб. стола на период работы этого проекта.