1) Это из-за виртуализации путей в протекторе. На функционал это никак не влияет, контролы виндовые, стандартные. Пути рабочие как маленькими так и большими буквами, для системы нет никакой разницы. Небольшой баг протектора, который не влияет на функционал в серьезном ключе. Поэтому тут вопрос: править ли папки, и снимать протектор с софта, или оставить папки как есть и оставить протектор. Конечно второе.
по остальным моментам передал фидбек