Proxifier, это не просто "чекер". Ему передается id процесса под которым запущен инстанс. И весь трафик с этого процесса proxifier "заворачивает" через прокси, даже если это будет трафик flash, как известно он не пользуется проксей установленной в браузере. К тому же сами разработчики писали что он всетаки лучше работает с проксями чем зенка).
Но, выявленную мной ошибку походу до сих пор и не исправили... Суть ее в том что когда выполняется много (тестировал на 20-30 потоках) инстансов, то у проксифира появляется ошибка с доступом к профилю. И процесс, на котором она произошла, выполняется или на другом прокси или вообще без прокси. Хотя я не раз писал о ней и описывал способ устранения. Списывался с разработчиками проксифира, и даже написал свой "патч", но "воз и ныне там", не популярная фича похоже у пользователей зенки.