да тут же и без шарпа просто кубиками простейшее решение
Привязываешь список к файлу с доменами, берешь первый домен и переносишь в другой список с удалением строчки с этим доменом. Считаешь строки после этого или чистишь список или удаляешь дубли и сохраняешь домен в файл и чистишь список.
Берешь следующий домен из первого списка.,,