вариант решения из разряда костылей..
каждую из сторон выражения, перед тем как сравнивать, приводить к низкому регистру или к высокому,
с помощью экшена Обработка текста..
if (string.Compare(project.Variables["var1"].Value, project.Variables["var2"].Value, true) != 0)
throw new Exception(); // если значения переменных НЕ равны, то выход по красной
// если равны - выход по зеленой
if (string.Compare(project.Variables["var1"].Value, project.Variables["var2"].Value, true) != 0)
throw new Exception(); // если значения переменных НЕ равны, то выход по красной
// если равны - выход по зеленой