В принципе, можно оставить все как есть с удалением всех файлов и подпапок через код c# и удалением самой папки кубиком удалить директорию, работает же. Пробовал еще перемещать отработанные директории в корень, через кубик, но перемещение, вообще, не работает почему-то...